Jangka waktu pemeriksaan pajak diatur dalam PMK 17/PMK.03/2013 stdtd PMK 18/PMK.03/2021. Dalam pelaksanaannya, pemeriksaan pajak untuk menguji kepatuhan dibagi menjadi tiga kategori utama: pemeriksaan umum, pemeriksaan dengan indikasi khusus, dan pemeriksaan berbasis data konkrit. 

Untuk pemeriksaan umum, waktu yang diatur untuk pemeriksaan kantor adalah 4 bulan dengan perpanjangan waktu 2 bulan, sementara pemeriksaan lapangan memerlukan waktu 6 bulan dengan perpanjangan waktu 2 bulan. 

Pemeriksaan dengan indikasi khusus atau transaksi tertentu membutuhkan waktu yang lebih panjang. Pemeriksaan kantor prosesnya bisa sampai 4 bulan dengan perpanjangan hingga 3 kali 6 bulan. Sedangkan untuk pemeriksaan lapangan, diperlukan waktu 6 bulan dan dapat diperpanjangan 3 kali 6 bulan. Adapun pemeriksaan berbasis data konkrit relatif lebih singkat, yaitu 1 bulan untuk pemeriksaan kantor.

Tahap pembahasan akhir dan pelaporan memiliki jangka waktu yang sama, baik untuk pemeriksaan kantor maupun pemeriksaan lapangan, yaitu 2 bulan. Khusus untuk pemeriksaan data konkrit, pembahasan akhir di kantor hanya dibatas waktu 10 hari kerja.

Dalam proses pemeriksaan, terdapat beberapa ketentuan penting yang harus diperhatikan oleh wajib pajak. Pertemuan dengan Wajib Pajak harus dilaksanakan maksimal 5 hari kerja setelah surat panggilan diterbitkan. Pemeriksaan di lokasi Wajib Pajak dilakukan secara mendadak dalam waktu maksimal 1 bulan sejak pertemuan pertama.

Wajib Pajak memiliki hak untuk memberikan tanggapan tertulis dalam waktu 7 hari kerja setelah menerima Surat Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan (SPHP). Jika diperlukan, wajib pajak dapat mengajukan perpanjangan waktu hingga 3 hari kerja. 

Selain itu, yang perlu menjadi perhatian adalah seluruh dokumen yang dipinjam selama pemeriksaan harus dikembalikan maksimal 7 hari kerja setelah Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP) selesai.